Kamar Bersalin RSU Muhammadiyah Ponorogo memiliki sistem keamanan yang baik untuk mencegah dan mengantisipasi terjadinya kasus tertukar atau kehilangan bayi baru lahir.
Sistem keamanan tersebut dikenal dengan CAKARAGA (Cap kaki bayi, Kartu Bayi, Rawat gabung, Gelang bayi). Fasilitas persalinan di RSU Muhammadiyah Ponorogo meliputi: Pelayanan ASI Eksklusif, Akte Kelahiran. Oxytocin Massage, Senam Nifas.