RSU Muhammadiyah Ponorogo memiliki 3 ruang operasi untuk tindakan pembedahan baik yang terencana (elektif) maupun darurat (cito) dengan ruangan yang sesuai dengan standar sterilitas yang berlaku. Instalasi Bedah Sentral RSU Muhammadiyah Ponorogo melayani pembedahan (operasi) dan pembiusan (anestesi) 24 jam dengan peralatan medis yang modern dengan didukung oleh Dokter yang professional serta tenaga perawat yang kompeten dan terlatih.